(1)青海地区的寺院。明清以来，青海蒙古族居住地区修建了不少宗教寺院，其中有的曾在历史上声名显赫，有的至今远近闻名。
    仰华寺，西海蒙古时期的重要寺院，位于今海南州共和县恰卜恰地区，原名察卜齐雅勒庙。明万历三年（1575年）动工一年半后竣工，具有汉藏佛寺的建筑特点。俺答汗请寺额于明廷，万历五年(1577年)四月癸亥，明廷“赐额仰华寺”。万历六年五月十五日举行仰华寺大会，参加者lO万余人。会上俺答汗与西藏哲蚌寺法台索南嘉措互上尊号，诞生了格鲁派系统中达赖神职。仰华寺既为西海蒙古的政治活动中心，也是格鲁派活动的中心万历十九年(1591年)十一月，明朝将领郑洛指挥明军进攻蒙古火落赤、真相等部，焚毁该寺，以后再未重建。
    札藏寺，位于湟源县城西10里外莫尔吉。据传说该寺建于很早以前，但无具体资料。明末，顾实汗人居青海，五世达赖阿旺罗桑嘉措的弟子札藏曲结?加尖喜饶在湟源一带活动。1639年由顾实汗做施主，加尖喜饶北迁塔雁静房，将两静房合并，建立一座格鲁派寺院，称“札藏寺噶丹曲科林”(诚悦法轮寺)，即札藏寺，被认为是安多地区13大寺之一。加尖喜饶为寺主，封号“次臣诺们罕"，历辈传世。该寺在康熙年间颇为兴隆。雍正初年，罗卜藏丹津反清事件中，该寺作为主要据点之一遭到破坏，后即衰落。到乾隆八年(1743年)御赐“佛光普照”匾额，三世却藏阿旺图登旺秋(1725～1796年)曾任该寺法台，该寺又再度兴旺起来。同治年间，该寺再次毁于兵火。光绪元年(1875年)却藏寺活佛主持重修札藏寺，规模远逊往昔。札藏寺是和硕特蒙古的主要寺院。寺内建有七座青海和硕特蒙古王公的府邸，俗称“衙门”。清廷于每年农历七月十五日派钦差来该寺与蒙古诸王公祭海会盟。以后，祭海活动由该寺移到东科尔寺附近日月山进行。在都兰县设置以前，札藏寺是蒙古各。机构所在地。
    东科尔寺，位于湟源县西南约28公里处日月山乡寺滩，初建于1646～1651年间，原名东科尔甘丹却科林(具善法轮洲)，由东科尔四世多居嘉措(1621～1683年)所创建。据《安多政教史》记载，寺初建时，顾实汗将日月山和今海南共和县倒淌河一带的大片土地布施给多居嘉措，成为东科尔寺的寺产。清康熙四年(1665年)东科尔四世人京，被朝廷封为文殊禅师，任职京师，自此历辈东科尔成为驻京呼图克图。罗卜藏丹津事件中寺院被毁。乾隆元年(1735年)，移地重修，题寺额为“嘉善寺”。新建的寺在今日月山乡兔尔干之西。清末和民国时，蒙占王公祭海结束后会盟于该寺。
    都兰寺，约建于清代乾隆年间，由衮楚克达什创建。衮楚克达什是顾实汗第六子多尔济的玄孙，属和硕特西前旗，崇信格鲁派。衮楚克达什曾从五世班禅罗桑益希大师受比丘戒，法名拉尊嘉祥嘉措。当时西前旗首府在察罕淖尔，即今乌兰县铜普乡察罕淖尔。衮楚克达什于雍正十三年(1735年)袭扎萨克多罗郡王，乾隆四十三年(1777年)病卒，由其子索诺木多尔济袭职，乾隆五十六年(1 791年)以功赐亲主品级。索诺木多尔济在乾隆五十六年前曾请拉卜楞寺嘉木样二世来寺诵经。都兰寺僧人多为蒙古人，最盛时寺僧达300人。寺主为都兰呼图克图，是海西地区较有影响的活佛之一。历史上都兰寺曾出过一些名僧，如出身和硕特汗王家族的索南达娃，曾获拉然巴格西学位，与拉卜楞寺的第十五位法台索南昂杰、第十九位法台索南札巴同被称为安多地区的“索南三尊"。
    广惠寺，原名郭莽寺、赞布寺等，藏语称“赞布县喜圣教洲”。位于大通县桥头镇东北18公里处，在今东峡参所在地衙门庄。该寺创建者赞布?顿珠嘉措(1613～1665年)系西藏噶瓦栋人，早年学经于哲蚌寺郭莽扎仓，清初来青海，曾任塔尔寺、佑宁寺、仙米寺法台，在青海佛教史上是一位很有影响的人物。清顺治七年（l650年)，他在青海厄鲁特蒙古首领赛钦洪台吉等人支持下建成广惠寺。顺治十年(1653年)，五世达赖进京觐见顺治帝返回西藏时曾驻锡此寺，为僧众讲经授法，从而大大了广惠寺的影响。广惠寺真正形成寺院规模是在第一世墩珠尔活佛时期。敏珠尔名赤列伦珠(1625～l699年），今海晏县琼科滩人，早年去西藏哲蚌寺郭莽扎仓学经。l652-1644年任郭莽扎仓堪布，与青海蒙古诸部有密切联系。清康熙四年（1665年)，经顾实汗第三子达兰泰之长子墨尔根洪台吉提请，五世达赖封他为“敏珠尔诺们汗”，派值青海主持寺务，当时墨尔根洪台吉所部住牧浩门河以南今人通县一带。在他的支持下，一世敏珠尔扩建寺院，使广惠寺成为显、密双修的格鲁派大寺。该寺在罗卜藏丹津反清事件中被清军焚毁。雍正四年(1726年)，二世敏珠尔进京觐见雍正帝，被封为“敏珠尔呼图克图”，成为驻京呼图克图之一，并赐帑金重修被毁寺院。雍正九年(1731年)，赐额“广惠寺"。同治五年(1866年)，该寺再次毁于兵燹，光绪年间重修。敏珠尔系统与青海和硕特蒙古有特殊关系，从而也使该寺成为青海和硕特蒙古的一所重要寺院。在敏珠尔系统中不少是蒙古人，四世敏珠尔就是今海晏县托勒乡察罕乌苏地方的蒙古人。他所著的《世界广论》一书是介绍印度及我国藏区地理的名著，有英、俄、法文译本。
    拉卜楞寺，位于今甘肃省夏河县。它是和硕特前首旗一世亲王察罕丹津创建的。该寺初建于清康熙四十八年(1709年)，两年后竣工。康熙四十年(1701年)，察罕丹津派人入藏，寻访高僧，准备建寺。四十八年，嘉木样大师抵达黄河南蒙旗，定这一年为建寺开始之年。次年选定大夏河边浪庆湾扎西曲滩为建寺之地，即今拉卜楞寺所在地。康熙五十年(1711年)竣工，察罕丹津在自己辖区中划拨500户牧民为寺户。该寺各类建筑金碧斗彩，宏伟壮观，为“内不见石、外不见木"的藏式建筑，也有歇山卷棚、悬山式的藏汉合璧建筑。寺内有六大学院，佛殿十余座，与众多的昂欠、僧舍、佛塔等有机构成雄伟多姿的建筑群。占地面积达1000余亩，被誉为格鲁派六大寺院之一。附有黄河南蒙古亲王府寺，曾是河南蒙旗政治、经济中心。该府寺由河南亲王之母兰曼措始建于1937年，初为账房寺，仅有8僧，由王府负责供养，寺随王府帐幕搬迁。1941年，于现址修建土房寺，至1947年建成三座昂欠和部分僧舍。1948年教权归属拉卜楞寺，由贡唐活佛任主持，设丁科札仓(时轮院)一个，僧众400多人。
    塔尔寺，格鲁派六大寺院之一的塔尔寺与青海和硕特也有密切关系。塔尔寺初建于明嘉靖三十九年(1560年)，是藏族信徒为崇拜宗喀巴大师，在大师的诞生地修建的。但是，该寺兴盛则有赖于蒙古贵族的大力关顾和赞助。例如：明万历三十一年(1603年)四世达赖云丹嘉措由内蒙古赴西藏坐床路过该寺时，见僧俗杂处，乃命当时寺院主持人鄂尔嘉措为第一任法台，嘱其严饬法规，隔离僧俗，又如，清康熙五十年(1711年)和硕特蒙古郡王额尔德尼和吉日土布施黄金1300两、白银1万余两，将宗喀巴大塔改修成爽金塔并修大金瓦殿。又如，拉加寺、郎木寺、达参寺等过去都在河南亲王的辖区内，且是在蒙古王公资助下修建的。此外，在海西地区同蒙古族的生活有较为密切关系的寺院还有北柯柯寺、阿拉腾德令哈寺、郭里木寺(一棵树寺)、巴隆寺、怀头他拉寺、宗加寺等等。

    (2)内蒙古阿拉善地区的寺院共有8大喇嘛庙、24小喇嘛庙，喇嘛约1万余人。八大寺中，以延福寺、广宗寺、福因寺规模最宏，各有活佛。延福寺活佛日甘珠尔巴格希，广宗寺名达各宝，福因寺名多布僧。各寺均置有大、二、三喇嘛各一员及僧官一人，各有其职权。大喇嘛总理全庙务，二喇嘛专司财政，三喇嘛专司经典。僧官又名格思贵，专管全寺喇嘛。各寺喇嘛有终身住庙者，有半住家半住庙者。前者为良好之喇嘛，终年住庙念经，或赴青藏等处大庙拜师学经，颇为众所崇敬。后者虽说住庙，实则多半在家或住别处。各喇嘛家中亦有佛堂，在家中念经与寺庙并无不同。喇嘛庙多无恒产，全赖布施，故喇嘛饮食多由各喇嘛家庭供给。寺庙念大经，喇嘛齐集，念过大经后，则各回家。20世纪以来，当喇嘛者已日渐减少。
    (3)新疆哈拉沙尔地区的寺院有：
    巴格希恩庙，又名宝浪苏木庙，坐落在今博湖县境内开都河东西支交汇处。19世纪末叶，由中路和硕特部落的东鲁普旺扎楞和姜巴?特格其克盖木丕勒倡导，仿青海省塔尔寺格局修建，清光绪六年(1880年)落成。因当时当过喇嘛的姜巴?特格其克盖木丕勒做过土尔扈特康布和森勤活佛的师傅，后按师傅的蒙语发音称宝浪苏木庙为巴格希恩庙。巴格希恩庙高15米，底边分别为20米；分上下两层，为四角雕楼；内有耳房，大殿铜佛从青海和拉萨运来。庙东面有一棵古榆，高20米，胸径2米，绿阴遮地，被蒙民视为神树。  1984年8月31日，十世班禅额尔德尼?却吉坚赞曾在庙前接见了喇嘛教人人士和信徒3000多名。
    玛乃拉呼尔米庙，坐落礼和硕县东塔西罕草原，是中路和硕特右旗扎布苏尔苏木蒙民做佛事的喇嘛庙。民国十六年(1927年)，由乔克隆老文和龙都固孜达等人牵头建造。庙殿130平方米。1959年宗教改革时，该庙的经书、财产和喇嘛并入扎亥塔西罕苏木库存。1965年，玛乃拉呼尔米庙自然倒塌。
    伊克呼尔来庙，又名达融赖喇呼尔来庙，原址在今博湖县塔温觉肯乡一带，是中路和硕特部落俞金苏木和包尔额克苏木部分蒙民做佛事的寺庙。民国二十四年(1935年)，由加勒茨热坎布和希里甫老文等人牵头修建，庙殿360平方米。其附近有伊克呼尔来管辖的甘久呼尔来(奥求仁厍热)和玛乃拉呼尔来两座小喇嘛庙。1959年宗教改革时?伊克呼尔来与它管辖的两个小庙一起并入巴格希恩庙。1965年，伊克呼尔来与它管辖的两座小喇嘛庙自然倒塌。
    宗喀巴呼尔来庙，坐落在今博湖县城附近开都河右岸，是中路和硕特部落右旗夏拉苏木和东大亨苏木部分蒙民做佛事的喇嘛庙。民国二十六年(1937年)，由曲日木康布和尕勒村老文牵头建造，庙殿面积110平方米。1959年宗教改革时，该庙并人巴格希恩庙。1965年，宗喀巴呼尔来自然倒塌。   
    道克西太呼尔来庙，又名牙玛达格庙，坐落在和硕县察罕通古，是中路和硕特部落中旗的一个喇嘛庙。1945年，由达尔杰老文和那木德格恭孜提等人牵头建造。庙殿面积150平方米。庙内供奉的牙玛达格尔汗佛像，是西日甫等人用2500只羊从印度的阿永格度太庙换来的。1959年宗教改革时，该庙并人扎亥塔西罕庙。1965年，道克西太呼尔来自然倒塌。
    扎亥塔西罕庙，又名艾布都外呼尔来庙。坐落在和硕县扎亥塔西罕草原，是中路和硕特左旗巴图特苏木和斜毕纳尔苏木部分蒙民做佛事的喇嘛庙。民国三十四年(1945年)，由尕布吉喇嘛和开比增老文牵头建造，庙殿面积170平方米。1959年宗教改革时，道克西太呼尔来庙和玛乃拉呼尔来庙并入艾布都外呼尔来庙，定名为扎亥塔西罕庙。
    清乾隆三十八年(1773年)，巴图色特启勒图中路和硕特贝子雅兰丕勒辞去贝子封爵，到雍和宫当喇嘛。清光绪六年(1880年)至宣统三年(1911年)，中路和硕特较有名望的喇嘛姜巴?特格其克盖木丕勒去西藏学经返回后，先后在中路和硕特部落巴格希恩庙和南路土尔扈特部落的艾吉那喇嘛庙当大喇嘛，并参加巴仑台黄庙的建筑。至清末，中路和硕特部几乎每户有1人出家当喇嘛。和硕特10个苏木有满津以上的喇嘛教人士500多人。至民国三十八年(1949年)，中路和硕特所属l0个苏木，每个苏木都修建了1座土木结构的喇嘛庙。10个喇嘛庙共有满津以上的喇嘛教人士100多人。
   西部地区的和硕特部古今寺院现存53座。这些寺院内保存着大批佛教经典、珍贵文物和《大藏经》一《甘珠尔》、《丹珠尔》等古籍。《甘珠尔》有些函的蒙译从13世纪开始，并作为单行本在蒙古民间转抄流行至今。它的蒙译经过将近400年，于1629年由蒙古察哈尔部林丹汗最后完成。康熙年间，清朝政府组织全国蒙、藏、汉、满各族佛学家、翻译家重新审订蒙古文《甘珠尔》，并木刻出版。到乾隆年间，由于清朝政府有了较雄厚的物质基础，再次组织400多名各族佛学家、翻译家，耗费大量人力、财力将《丹珠尔》译成蒙古文，并木刻出版。蒙古文《甘珠尔》、《丹珠尔》的出版，标志着国家的统一和强盛，成为蒙古族历史文化发展进程中的巨大里程碑。